В 1995 году Мордюкова снялась в небольшой роли работницы ЗАГСа в одном из самых коммерчески успешных кинопроектов того времени — комедии «Ширли-мырли». Гонорар за эту роль актрисе заплатили неплохой, однако сама она чуть позже отозвалась об этой работе без должной симпатии. Может быть, потому, что у нее не сложилось теплых отношений с режиссером этой картины Владимиром Меньшовым?
В 1997 году свет увидели мемуары Н. Мордюковой «Не плачь, казачка!».
В следующем году Мордюкову вновь позвали на главную роль, а сделал это режиссер Денис Евстигнеев. Как мы помним, еще в молодости Мордюкова тесно общалась с матерью Дениса — тогда еще молоденькой Галиной Волчек. И вот спустя почти полвека после этих отношений сын Волчек (и Евгения Евстигнеева) позвал Мордюкову в свою картину «Мама». Фильм был вольным пересказом знаменитого уголовного дела, в центре которого была музыкальная семья Овечкиных (в фильме они Юрьевы), которая в советские годы создала ансамбль «Семь Симеонов», а в 1988 году пыталась сбежать на Запад путем угона пассажирского авиалайнера. Эта попытка закончилась трагедией: большая часть семейства Овечкиных погибла.
Именно роль матери угонщиков, которая, собственно, и подбила их на этот поступок, и сыграла Мордюкова. В ролях ее киношных детей предстали представители молодого актерского поколения: Олег Меньшиков, Владимир Машков, Евгений Миронов, Алексей Кравченко, Михаил Крылов. Правда, несмотря на такой актерский состав, фильм так и не «выстрелил».
В новом тысячелетии Мордюкова почти не снималась, поскольку была больна и почти не покидала своего дома (лишь иногда ложилась в больницу). Рядом с нею в такие минуты были ее родные младшие сестры и братья. Больше никого из родственников Мордюкова видеть не хотела. В том числе своего первого мужа Вячеслава Тихонова, двух своих невесток (Наталью Варлей и Наталью Егорову) и двух своих внуков. По словам самой актрисы (интервью газете «Московский комсомолец» за декабрь 2003 года):
«У меня нет желания их видеть. Вот такой я нехороший человек… Официально у сына было две жены, и обе Наташи. В первую, ту, которая Варлей, он влюбился после „Кавказской пленницы“. Когда у них родился ребенок, она никого к нему не подпускала, заставляла марлевые повязки на лицо накручивать. Не сложилось у нас с ней сразу как-то… (как уже отмечалось, у Стрельца-Быка и Рака-Свиньи полная дисгармония. — Ф. Р.). И мальчик на моего сына внешне мало похож: глаза какие-то вспухшие. А вот пальцы и коленки Володины, да и ухо с трещинкой явно его…
А вот вторую невестку — балерину — я приняла. В их разводе виноват был мой сын. После его смерти она неоднократно выходила замуж, но ее женская судьба не сложилась…