В 1991 году Фрейндлих на три месяца угодила в больницу — за долгие годы курения у нее оказались серьезно испорчены легкие. Врачи давно советовали ей бросить вредную привычку, она прибегала к разным мерам — иглоукалыванию, гипнозу, электропунктуре, — но все попытки оказались тщетными. Единственной ее победой в этой изнурительной борьбе с курением стало то, что теперь она курит сигареты с мундштуком.
В 1992 году, после пятилетнего перерыва, Фрейндлих вновь вернулась на съемочную площадку. Она снялась в продолжении приключений мушкетеров — фильме Г. Юнгвальд-Хилькевича «Мушкетеры 20 лет спустя» (роль Анны Австрийской). По словам режиссера:
«Алиса Бруновна Фрейндлих как была красавицей, изящной, всегда подтянутой, с прекрасной фигурой — так ею и осталась. Когда я снимал в фильме „Двадцать лет спустя“ постельную сцену с кардиналом (она там в рубашечке, сексуальная и очень привлекательная), мужчины, которые были на съемочной площадке, смотрели на нее жадными глазами. Она будто даже помолодела за эти годы. На примере с Фрейндлих я убедился в том, что, если женщина прекрасна, она не стареет».
В 90-е Фрейндлих продолжала выходить на сцену БДТ, однако ролей у нее было не так много, как того хотелось бы зрителям. Поэтому при любой удобной возможности она принимала предложения со стороны, как это произошло в случае с Романом Виктюком и его спектаклем «Осенние скрипки» (1997), где она сыграла главную роль — Варвару Васильевну (в постановке 1915 года ее играла О. Книппер-Чехова). Как пишет В. Вульф:
«Алиса Фрейндлих в роли Варвары Васильевны заворожила зрительный зал. Незатейливая история: женщина не первой молодости влюбилась в молодого человека и решила его женить на своей приемной дочери, чтобы он был ближе к ней самой. Рядом муж, обманутый, слепнущий, благородный человек (его очень хорошо играет Александр Балуев), и муки совести за предательство и страсть, которую не остановить. Фрейндлих на сцене проста и понятна, пронзая нас способностью играть простые человеческие чувства в той отточенной манере, что свойственна только ей — уникальной искуснице сцены, единственной в своем роде…»
В кино у Фрейндлих в те годы тоже было не очень много работы. За период 1993–1999 годов она снялась всего лишь в трех фильмах: у того же Г. Юнгвальд-Хилькевича в «Тайне королевы Анны, или Мушкетеры 10 лет спустя», у Валерия Тодоровского в «Подмосковных вечерах» (1994; Ирина Дмитриевна; за эту роль она была удостоена премии «Ника») и у Виталия Соломина в «Охоте» (1995). По ее же словам: «После последних двух картин мне не предлагают ничего. Во всяком случае, ничего хорошего. А в белиберде участвовать не хочется…»